1 試劑準備區
用于試驗試劑的準備。該區域為正壓，目的是防止污染物質溢入。該區域內部又可分為3個區域：普通提取試劑的準備區、PCR試劑準備區和PCR主反應液準備區。在普通提取試劑的準備區內準備一些樣品核酸提取時所需的裂解液、提取液等；PCR試劑準備區用于PCR試劑的制備和保存。例如準備引物、探針等PCR試劑。為了防止交叉污染，避免反復冷凍和解凍，試劑存貯溶液應該被平均為小的工作體積，儲存在這個房間以備后用：PCR主反應液準備區將進行主反應混合液(除了樣品。所有PCR所需試劑的混合)添加到PCR管的操作。重要提示：不能將其它房間的材料(包括擴增、模板和目標核酸或陽性對照、供應品、或設備)帶進試劑準備區。
2 樣品準備區
該區域無壓力設置要求。該區域是用于對樣品進行分樣，將樣品進行研磨、粉碎、勻漿的區域。由于在這些粉碎、研磨和勻漿處理過程中會產生氣溶膠，因此，存在陽性樣品污染后續操作的可能性。該區域與后面的區域應嚴格隔離，應放在與后面的三個區域隔開的獨立的房間中。在樣品準備區內還可設立一個專用的封閉區或房間用于樣品的接收和儲存。這個房間可以放置冰箱用于樣品儲存，應該和樣品準備區其它區域隔離開。樣品準備區域的人員不得進入試劑準備區。
3 核酸提取區
核酸提取區是進行樣品核酸提取的區域。該區域為負壓，目的是防止核酸溢出造成污染。樣品準備區又包括從樣品中進行核酸提取和純化的區域以及將核酸加到包含PCR主反應混合液管中的操作區域。添加完樣品后，PCR管的蓋子要盡可能快地蓋好。使用PCR板和膠蓋時，陽性對照和含目標序列的樣品要與待測樣本分開操作，以避免模板添加時造成交叉污染
重要提示：這個房間里的一切物品不得帶人試劑準備區。
4 擴增和產品檢測區
該區域是用來進行PCR擴增和PCR分析的。PER儀放置在這個區域。房間保持負壓，目的是防止核酸溢出。在該區域人員一定要一直穿戴工作服
和手套，在離開房間前脫去，防止擴增子污染其它地點。所有用于擴增和產品檢測的設備要指定用于這個房間。PCR分析]二作也設置在該區域，例如：酶切、測序、克隆等，但實驗室應盡可能把這些活動分隔在不同區域或不同房間。以降低擴增產物的污染風險。如果沒有條件在該區域設立負壓，此區域必須建立排風裝置。
重要提示：這個房間的物品不能帶人樣品準備區或試劑準備區。