無菌微生物實驗室廣泛應用于制藥、食品、醫療、生物安全科研等領域，通過控制空氣中的塵埃粒子、浮游菌、沉降菌等污染物的數量，滿足生產工藝或科研的需要。潔凈室要獲得良好的潔凈效果，需要規范的設計、嚴謹的空氣凈化施工工藝、科學的管理制度共同保證。
 潔凈度和及其穩定可靠性是檢驗無菌微生物實驗室的核心標準，根據空氣中懸浮粒子濃度分為若干等級：百級(ISO N5級)、千級(ISO N6級)、萬級(ISO N7級)、十萬級(ISO N8級)等等。按照相關潔凈室設計規范，為滿足上述等級的潔凈要求，無菌室潔凈室設計需要注意以下關鍵點：
 一、送風潔凈度。在送風潔凈度方面，要想達到要求，關鍵是凈化系統三級過濾器尤其是末端過濾器的性能。而凈化系統末端過濾器可選用高效過濾器或亞高效過濾器。根據潔凈度要求考慮，十萬級及以下級別潔凈室通常可選用亞高效過濾器，萬級及以上通常選用高效過濾器。
 過濾器選型的時候還要結合潔凈室建筑特征、過濾器特性、施工與后期維護等。高效或亞高效過濾器要確保運輸、儲存、安裝過程中密閉、防撞、防塵，先吹掃管道，然后一次性安裝到位。
 二、氣流組織。潔凈室的氣流組織與一般空調房間有所不同,它要求將過濾后的空氣首先送到潔凈受控部位，保護樣品或產品，回風或排風口位于污染較大的下風區域，因此，在設計氣流組織時應考慮以下幾個原則：盡量減少渦流，避免將受控區以外的污染帶入受控區；盡量防止灰塵的二次飛揚，以減少灰塵對樣品或產品的污染�？筛鶕�不同的潔凈度要求，選擇相應的氣流組織形式，比如垂直層流、水平層流、非單向流。
 三、換氣次數與壓力梯度。充足的通風換氣量是為了排除污染空氣、稀釋塵埃粒子濃度。例如萬級(ISO N7級)每小時換氣次數應該為15-25次。
 無菌室維持一定的壓力梯度是保證其不受或少受外部污染以維持設計潔凈度等級必不可少的條件。即使負壓潔凈室，例如ICU傳染病房、生物安全實驗室等，也必須設置緩沖間或者正壓隔離間，以隔離外部污染、維持核心潔凈室的潔凈度。