對于大型實驗室工程設計在初步設計之前進行方案設計，然而小型建筑工程設計可以用方案設計代替初步設計。方案設計根據實驗室建設的任務及基本要求，在前期準備工作的基礎上進行建筑方案設計，一般要求設計方案滿足實驗室的功能，在外觀上要求有時代感，符合城市建設規劃。設計方案經過專家論證、審核、比較，提出一個實施方案或兼顧幾個方案的優點進一步做出修改而獲得較為滿意的設計方案。在這個環節，實驗室必須提供充分考慮之后的比較成熟的功能要求，比較忌諱的是邊設計邊修改，尤其是設計實驗室功能的變化。因為從實驗室工作人員的角度，許多改動僅是一個房間的變動，或者一個水龍頭位置的變化，而對設計者來說，有可能設計多個專&、上百張圖紙的變化，在施工方來講有可能使管線從新鋪設、墻壁拆除等等，會直接帶來人工、時間、材料等各方面的損失，因此實驗室的功能規劃布局一定要慎重。初步方案在方案設計的基礎上進一步進行具體實施方案的初步設計，是進行施工圖設計的主要依據。其內容主要包括；設計依據、設計構思、總平面圖、主要建筑工程項目的方案設計、主要材料用量、工藝設計、主要設備造型、三廢處理、生活組織與勞動定員、有關技術經濟指標、抗震人防、建設順序與期限及總概算等。在這個環節，實驗室應重點關注一些關鍵點是否在設計圖中體現，比如每個房間的電分配容量、一起單獨接地的處理、通風管路的設計等。施工圖設計根據已批準的初步設計文件，詳細給出各有關專&工程的尺寸、局部詳細設計等指導現場施工安裝和設備材料準備，并據此做出工程詳細預算。